在航天试验靶场，频标设备的频率准确度直接决定了测控设备测量数据的质量，而频率准确度的测量依赖标准频率与本地频率的钟差测量，目前在各测控站点一般采用高精度计数器来实现，但由于计数器输出的钟差测量结果只能在本地显示而不能进行远程传输，导致总体人员不能在时钟主站有效对各测控站点的守时情况进行实时监测和辅助判决，易出现调钟错误的问题。提出了一种基于FPGA和TDCGP2的钟差测试系统设计方案，可对本地的钟差进行测量，测量精度高达100 ps，并通过试验任务IP网进行上报，达到对守时结果远程监测和辅助判决的目的。